故事发生在刚出了梅雨期之时。在东京、神奈川、静冈、长野发生了六起杀人事件。在被害人的身边都会留下一张麻将牌，从这一点中可以看出犯人是同一个人或者同一个组织所为。 在松本警视的号令之下，早速、目暮警部集合了各县辖的刑警们召开了搜查会议，同时也邀请了毛利小五郎参与协助调查。 为什么要将被害者绑架到其它场所进行杀害呢？ 麻将牌是由谁留下的呢？ 最后的被害者所留下的遗言：“七夕、今天…”，又有着什么含意呢？ 被一堆无解之谜围绕之下的搜查会议就这样结束了，但就在此时，从会议中出来的柯南发现一个警察乘坐着黑色的跑车。“那辆车……难道，是琴酒！” 毫无疑问的，“黑暗组织”中的一人潜入会议场，然后乘坐琴驾驶的跑车逃走。 袭击工藤新一并给他喂毒药的琴酒为什么会出现在这里？ 难道连续杀人事件是黑暗组织的所为吗？！ 扰乱搜查的基安蒂与科恩；追踪嫌疑犯的贝尔摩德；计划暗杀重要人物的琴酒与沃卡。 以及谜般的人物爱尔利修（irish）。 随着搜查逐渐深入，柯南所在的帝丹小学受到了入侵。就在柯南知道了组织的阴影向着自己笼罩过来的同时，第七件杀人事件发生了。 七夕之日当天，出现了第七位牺牲者。 黑暗组织的圈套，将日本警察耍弄得团团转。 如果被琴知道本应该已经死亡的高中生侦探工藤新一，以着江户川柯南的姿势生存下来了的话，将不止是柯南，包括了灰原哀、阿笠博士、兰……所有的伙伴将会被一个不留地全部抹杀掉。 但是，琴酒暂时还不知道真相。还有可能利用这次事件对黑暗组织来个一网打尽。柯南对于它的危险性有了充份的觉悟，开始了独立的搜查。 系列第13弹，避无可避，命运的死亡游戏现在开始了！ | 
